Daten und Transportwege in der eGA sind individuell Ende-zu-Ende verschlüsselt. Das bedeutet, dass niemand außer dem Versicherten selbst seine Daten entschlüsseln kann. Dadurch ist auch nur der Versicherte in der Lage, seine Daten zu sehen. Aus technischen Gründen werden lediglich bestimmte Daten wie z. B. die technische Referenznummer oder die eGA-Kundennummer nicht verschlüsselt gespeichert, da sonst keine technisch eindeutige Zuordnung von Versicherten und eGA-Konto möglich wäre.

Selbst im äußerst unwahrscheinlichen Fall eines Datendiebstahls oder Datenverlustes, z. B. durch kriminelle Aktivitäten wie Hacking, sind die Daten für Dritte nicht lesbar, weil diese nach anerkannten und branchenerprobten Verschlüsselungsverfahren gesichert sind. Da die Ver- und Entschlüsselung der Daten auf dem Gerät durchgeführt wird, kann es, je nach verfügbarer Bandbreite des Netzes und Leistungsfähigkeit des Smartphones, zu Verzögerungen bei der Anzeige der Daten kommen.